Reverse charge e subappalto in edilizia

Buongiorno,
Si chiede un parere in merito alla correttezza del trattamento applicato ai fini IVA alle operazioni attive e passive di una SRL che si occupa principalmente di attività di rimozione di strutture in amianto, per lo svolgimento delle quali si trova spesso a dover effettuare anche delle attività che potrebbero essere ricondotte al comparto edile.

Premesso che:
- il codice ateco principale della SRL è il 39.00.01 - Attività di rimozione di strutture ed elementi in amianto specializzata per l'edilizia (dunque non rientrante nell'elenco di codici individuato dall'AdE);
- il codice secondario è il 41.2 - Costruzione di edifici residenziali e non residenziali;
- per la corretta individuazione delle prestazioni interessate dalla disciplina del “reverse charge” l'AdE ha chiarito che occorre fare riferimento ai codici attività riconducibili al comparto Edile, precisando però che il suddetto regime deve essere applicato anche dai soggetti che prestano tali servizi indipendentemente dal codice Ateco adottato; 
- analogo ragionamento deve essere effettuato con riferimento all'applicazione della normativa prevista per il "subappalto in edilizia";

Fatturazione Attiva:
La società, salvo casi particolari in cui effettua lavori esclusivamente rientranti nel comparto edile (es. completamento di edifici), emette sempre fattura con applicazione di IVA. Tale comportamento si fonda sui concetti espressi dalla circolare Agenzia Entrate n.14/E del 27 marzo 2015, in particolare sia sul fatto che il codice ateco principale (39.00.01) non rientra nel comparto edile, sia sul fatto che in presenza di un unico contratto comprensivo di una pluralità di prestazioni, in una logica di semplificazione, l'AdE suggerisce di non procedere a scomposizione del contratto ma di applicare l'IVA secondo le modalità ordinarie.
Fatturazione Passiva:
Per l'esecuzione degli appalti ottenuti, che solitamente richiedono apertura di cantieri per diversi giorni, la società fa spesso riferimento a soggetti terzi (dotati di codice ateco rientrante nel settore edile) cui vengono subappaltate prestazioni rientranti nel comparto edile. Tali soggetti emettono nei confronti della SRL fatture senza applicazione di IVA con riferimento all'art.17 comma 6, lett. a) -  "Subappalto in edilizia". Tale comportamento si fonda sul fatto che le prestazioni di terzi cui la SRL ricorre sono finalizzate allo svolgimento della parte di prestazione principale riconducibile al settore edile.

Si chiede pertanto se tale differenza di trattamento tra fatturazione attiva e passiva (imponibilità della prestazione complessiva e non imponibilità delle prestazioni subappaltate), dovuta alla predominanza o meno delle prestazioni riconducibili al comparto edile nell'ambito della prestazione complessivamente svolta, possa creare delle problematiche di carattere fiscale e far emergere profili sanzionatori.