Fatture Buoni Pasto e disallineamento in AE

Buongiorno.

Bar in contabilità semplificata opzione art.18: incassa corrispettivi tramite buoni pasto e certifica con lo scontrino fiscale del Registratore Telematico il valore facciale del buono (corrispettivo non incassato).

A fine mese la società dei Buoni Pasto emette per conto del bar la fattura dei buoni inserendo in diminuzione del valore lordo dei buoni, la commissione applicata.

In fase di liquidazione iva registrando la fattura così emessa si crea un disallineamento in Agenzia Entrate tra il flusso del battuto su RT e quanto certificato dalla fattura emessa (disallineamento=commissioni).

A livello iva il risultato non cambia, ma di fatto ci sarà un allert che prima o dopo l'agenzia entrate vorrà approfondire: come di potrebbe rimediare in fase di registrazione dei documenti?

Anche se registriamo la fattura considerandola al lordo del valore dei buoni, in realtà andiamo a distorcere un documento contabile già transitato allo Sdi, in più dovrebbe esserci un documento per le commissioni tipo una nota interna.

A nostro parere non è una strada percorribile. Che alternative ci sono per non incappare in segnalazioni/verifiche?

Grazie